Los "Programas y Proyectos Especiales", están dedicados a detectar necesidades y carencias en determinadas áreas que consideramos estratégicas y a transformarlas en proyectos concretos, que se canalizarán a las "ventanillas" de financiamiento de que dispone esta Secretaría a través de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT), con sus Fondos FONCyT y FONTAR.
La Dirección Nacional de Programas y Proyectos Especiales tiene la responsabilidad de instrumentar los Programas y Proyectos Especiales en sus etapas exploratoria y ejecutoria, desde la planificación, organización, gestión, control y difusión de las actividades que implemente cada uno de los siete Programas.

Los Programas y Proyectos Especiales son un instrumento privilegiado de gestión para la transferencia de conocimientos y tecnologías. Tanto en su concepción como en su diseño operativo, están basados en una gran interacción entre el sistema científico y tecnológico y el medio socio-productivo: a la vez que favorecen la creación de redes de conocimiento promoviendo la asociatividad de recursos, la cooperación interinstitucional y los abordajes transdisciplinarios, buscan la asociación, desde el inicio, con los destinatarios finales de los resultados del conocimiento y/o tecnologías a generar a través de su implementación.

La coordinación específica de cada Programa está a cargo de un Coordinador de reconocida trayectoria profesional y/o académica.

• Etapas de los Proyectos
  
  
• Líneas de Acción
  
  
• Programas:

- Competitividad Productiva
- Incubadoras de Empresas, Parques y Polos Tecnológicos
- Salud
- Producción y Sanidad Agropecuaria
- Recursos Renovables y No Renovables y Prevención de Catástrofes Naturales
- Calidad de Vida y Desarrollo Económico Social
- Tecnología de la Comunicación e Información