La operatoria de los Programas y Proyectos Especiales consiste en dos etapas: exploratoria y ejecutoria

Etapa Exploratoria:

A través de la presentación y discusión de las áreas problema, permitirá la identificación de problemas y las posibilidades de resolverlos por medio de proyectos asociativos de investigación y de transferencia; al mismo tiempo incentivará la interacción entre los diferentes actores participantes en esta etapa y su articulación en redes para la preparación de propuestas de proyectos.

Etapa Ejecutoria:

Consistirá en la financiación de los proyectos elegidos en convocatorias, administradas por la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica a través de sus dos fondos (FONCyT y FONTAR) con sus diferentes instrumentos, y en su evaluación permanente, que permitirá actualizar y mejorar los planes y proyectos.